Der Bezirksregierung obliegt die Fachaufsicht über die örtlichen Hafenbehörden und sie koordiniert ggf. ihre Tätigkeiten. Zudem erlässt sie "Hafenverordnungen" für jeden Hafen im Regierungsbezirk.

Die Aufgaben der Gefahrenabwehr für die Schifffahrt in den Häfen obliegt nach der Allgemeinen Hafenverordnung (Ordnungsbehördliche Verordnung über den Verkehr und den Güterumschlag in Häfen – AHVO) den örtlichen Ordnungsbehörden als "Hafenbehörden". Gefahren können ausgehen vom Schiffsverkehr selbst, von transportierten Gütern oder auch von den damit beschäftigten Personen. Die Bezirksregierung hat hier keine unmittelbare Zuständigkeit. Ihr obliegt jedoch die Fachaufsicht über die örtlichen Hafenbehörden, d. h. ihre Tätigkeit ist darauf gerichtet, zu kontrollieren, ob die Sicherheit und Ordnung in den Häfen durch die Hafenbehörden gewährleistet wird. Zu diesem Zweck hat die Bezirksregierung u. a. regelmäßig Hafenbesichtigungen durchzuführen und ggf. die Tätigkeit der Hafenbehörde zu koordinieren.

Weiterhin obliegt der Bezirksregierung der Erlass der "Hafenverordnungen" für jeden Hafen im Regierungsbezirk. In diesen Ordnungsbehördlichen Verordnungen werden über die vorgenannten Bestimmungen der AHVO hinaus weitere Regelungen getroffen und auch das Hafengebiet in seinen Grenzen bestimmt.

Daneben unterliegen verschiedene Wasserstraßenangelegenheiten der Genehmigungspflicht durch die Bezirksregierung (Genehmigung von Fährbetrieben) bzw. erfordern den Erlass weiterer Ordnungsbehördlicher Verordnungen (z. B. ObVO über die Ruhrschifffahrt, ObVO über die Fahrgastschifffahrt und den Fährbetrieb auf der Ruhr, ObVO über Schleusengebühren auf der Ruhr für die Schleusen Mühlheim/Ruhr, Kettwig und Baldeney, ObVO über die Schiffbarkeit des Flürener Altrheins).