Mit der „Zuständigkeitsverordnung Umweltschutz“ wurde in 2008 das sogenannte „Zaunprinzip“ eingeführt. Das Prinzip beinhaltet die Bündelung von Zuständigkeiten für die Genehmigung und Überwachung von Anlagen im Umweltschutzbereich durch eine Behörde. Es greift insbesondere bei der Errichtung und dem Betrieb von Anlagen nach Anhang l der Zuständigkeitsverordnung, wie z. B. Hüttenwerken, Chemieanlagen, Galvaniken, Heizkraftwerken, physikalisch-chemischen Abfallbehandlungsanlagen, großen Kläranlagen und Deponien der Klassen II, III und IV.

Der Bereich Bodenschutz und Altlasten ist in das Zaunprinzip eingebunden. In Bezug auf bodenschutzrechtliche Fragen ist allerdings die Spezialregelung der Nr. 6 des Anhanges II der Zuständigkeitsverordnung Umweltschutz zu beachten. Die bodenschutzrechtlichen Pflichten und Befugnisse werden von der Bezirksregierung für Anlagengrundstücke der sog. Zaunanlagen, die nicht bis zum 31.12.2009 im Altlastenkataster durch die Unteren Bodenschutzbehörden erfasst wurden, wahrgenommen. Für schädliche Bodenveränderungen, Altlasten oder altlastverdächtige Flächen, die bis 31.12.2009 katastermäßig erfasst sind, ist nicht die Bezirksregierung, sondern der Kreis oder die kreisfreie Stadt zuständig.
Bei definitiv neu eingetretenen Schäden („Neuschaden auf Altlast“) ist die Behörde zuständig, die die jeweilige Anlage betreut. 

Die Bezirksregierung Düsseldorf ist seitdem für die bodenschutzrechtliche Bewertung bei rund 550 Arbeitsstätten zuständig, hauptsächlich für Anlagen, die unter das Bundes-Immissionsschutzgesetz fallen.
Für das Sachgebiet Altlasten/Bodenschutz ergeben sich bodenschutzrechtliche Fragestellungen u. a. bei internen Stellungnahmen zu Genehmigungsverfahren (hier seit 2013 insb. auch zum Ausgangszustandsbericht), Stilllegung bzw. Rückführung von Zaunanlagen, bei der Betreuung laufender Sanierungsmaßnahmen sowie bei der Erteilung von Auskünften zu schädlichen Bodenveränderungen oder Altlasten gegenüber Dritten.