Im Regierungsbezirk Düsseldorf befinden sich viele wassergebundene Natura 2000 Gebiete, von denen über den damit verbundenen Gebiets- und Prozessschutz auch die heimischen Fischarten profitieren. Daneben sind in einigen Natura 2000 Gebieten auch einzelne Fisch- und Neuaugenarten (FFH Anhang II) als Zielarten gemeldet.

Zum Schutz gefährdeter Fischarten und den Erhalt einzelner gefährdeter Fischbestände kann die Obere Fischereibehörde Fisch- sowie Laichschongebiete ausweisen.

FFH Anhang II Arten:

Fische, Neunaugen (Maifisch, Steinbeißer, Groppe, Schlammpeitzger, alle 3 Neunaugen, Bitterling, Lachs)

Tier- und Pflanzenarten von gemeinschaftlichem Interesse, für deren Erhaltung besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden müssen.

FFH Anhang IV Arten

Nordseeschnäpel, Europäischer Stör (noch nicht in NRW Rheinabschnitten angesiedelt)

FFH Anhang V Arten

Barbe, Äsche, Lachs, Flussneunauge, Maifisch

Weitere FFH Arten (nicht relevant in BR Düsseldorf) Arten Flussperlmuschel Anhang II, V, Steinkrebs Anhang II (beide BR Köln), Bachmuschel Anhang II, IV (BR Detmold)

Der Artenschutz wird gemäß FFH-RL für alle Arten gewährt, die im Anhang IV der FFH -RL aufgeführt sind. Im Artenschutzrecht (§ 7 Abs. 2 Nr. 13 und 14 BNatSchG) sind Fische nur unzureichend berücksichtigt. Es wird nach besonders und streng geschützten Arten in Deutschland unterschieden. Dabei werden alle zu schützenden Arten zunächst dem besonderen Artenschutz unterstellt (§ 7 Abs. 2 Nr. 13 BNatSchG). Sollen sie einen weitergehenden Schutz erhalten, werden sie darüber hinaus noch als streng geschützt eingestuft (§ 7 Abs. 2 Nr. 14 BNatSchG). Alle Fischarten, die in Anhang IV der FFH -RL aufgeführt sind, unterliegen dem strengen Artenschutz. 

Dabei sind 4 Arten der Artengruppe „Fische“ im Anhang IV der FFH -Richtlinie aufgeführt.

Im Rhein konnte der Nordseeschnäpel (Coregonus oxyrinchus) im Rahmen des Wanderfisch­programmes NRW erfolgreich wieder angesiedelt werden.

Für den Regierungsbezirk Düsseldorf sind der Europäische Stör (Acipenser sturio) (ausgestorben) im Rheinsystem historisch heimisch gewesen.