Die oben genannten Ziele der WRRL wurden in deutsches Recht übernommen. Für das Grundwasser ist das Wasserhaushaltsgesetz (WHG) und die Grundwasserverordnung (GrwV) einschlägig. So sind die Bewirtschaftungsziele der WRRL des Grundwassers im § 47 Absatz 1 WHG definiert:

Das Grundwasser ist so zu bewirtschaften, dass

• die Verschlechterung des mengenmäßigen und chemischen Zustands vermieden wird (Verschlechterungsverbot)
• alle signifikanten und anhaltenden Trends ansteigender Schadstoffkonzentrationen auf Grund der Auswirkungen menschlicher Tätigkeiten umgekehrt werden (Trendumkehrgebot)
• ein guter mengenmäßiger und ein guter chemischer Zustand erhalten oder erreicht werden, wobei zu einem guten mengenmäßigen Zustand insbesondere ein Gleichgewicht zwischen Grundwasserentnahme und Grundwasserneubildung gehört (Verbesserungsgebot).

Die systematische Überwachung des Grundwassers ist ein entscheidendes Instrument, um die Zielerreichung der WRRL zu dokumentieren und zu kontrollieren. Hierfür wurde 2006 das Grundwasser-Monitoring nach EG-Wasserrahmenrichtlinie eingeführt. Es umfasst die Erhebung und Interpretation von Daten zur Grundwassermenge und Grundwasserqualität in definierten Grundwasserkörpern. Ein wesentlicher Bestandteil dieser Daten wird von dem Messnetz der Wasserrahmenrichtlinie bereitgestellt. Dabei werden in regelmäßigen Abständen ausgewählte Grundwassermessstellen beprobt. Details zu den Messstellen und Grundwasserkörpern sowie eine interaktive Kartendarstellung werden über das frei zugängliche Fachinformationssystem ELWAS-Web bereitgestellt.

Die europaweit einheitliche Grundwasserbewirtschaftung ging Anfang 2021 in die dritte Runde. Das Umweltministerium NRW hat am 01.01.2021 den dritten Bewirtschaftungsplan mit den entsprechenden Maßnahmenprogrammen für die Gewässer und das Grundwasser in NRW veröffentlicht.