Querbauwerke in Gewässern (sowohl Abstürze, Wehre als auch Stauanlagen und Wasserkraftanlagen) dürfen die ökologische Durchgängigkeit der Gewässer für Fische und Makrozoobenthos nicht wesentlich beeinträchtigen. Die Lebewesen im Gewässer brauchen für die Nahrungsaufnahme, (Winter)ruhe und Laichzeit unterschiedliche Abschnitte eines Fließgewässers, die sie ohne Zeitverzögerung erreichen müssen. Eine Neuerrichtung von Querbauwerken kann nur zugelassen werden, wenn die Durchgängigkeit erhalten bleibt. An bestehenden Querbauwerken ist die Durchgängigkeit nachträglich herzustellen. Rechtlich ist dies in den §§ 33, 34 und 35 des Wasserhaushaltsgesetzes (WHG) festgelegt. Außerdem ist die Durchgängigkeit ein wichtiger Beitrag zur Zielerreichung der Wasserrahmenrichtlinie, da nur Gewässer mit einer ausgewogenen und passenden Fischartenzusammensetzung und Makrozoobenthosgemeinschaft über alle Entwicklungsstufen, zu einer guten Bewertung der Biologie führen (§§ 27, 29 WHG).

Die Durchgängigkeit bezieht sich sowohl auf funktionsfähige Fischaufstiegswege als auch –Abstiegswege und muss für alle Arten des zugehörigen Fischgewässertyps NRW passen. Für alle weiteren Fragen zum Thema Fischerei ist Dezernat 51, die obere Fischereibehörde, zuständig.

Die Errichtung eines Querbauwerkes stellt regelmäßig einen Gewässerausbau dar und bedarf der Planfeststellung. 

• Zur Bewertung der Durchgängigkeit sind das Handbuch Querbauwerke, das DWA-M 509 sowie der Bewirtschaftungsplan des Gewässers zu beachten. Bei Wasserkraftanlagen sind zusätzlich die Anforderungen an den Fischschutz an der Anlage zu berücksichtigen.
• Querbauwerke, die rein dem Abflussregime des Gewässers dienen (teilweise Stauanlagen) brauchen keine gesonderte wasserrechtliche Erlaubnis (Benutzung); § 9 Abs. 3 WHG. 
• Querbauwerke, die nicht nur rein wasserwirtschaftliche Zwecke haben (z. B. Wasserkraftanlagen, Betriebswasserversorgung), benötigen zusätzlich eine wasserrechtliche Erlaubnis (Benutzung); diese kann im Rahmen der Planfeststellung oder gesondert erteilt werden und ist grundsätzlich befristet.

Zielartengewässer sind ausgewiesene Gewässer, in denen ein reproduzierender Bestand (anadrom: Lachs) bzw. eine Population (katadrom: Aal) Ziel von Erhaltungs- bzw. Bewirtschaftungsmaßnahmen sind. Dort sind ergänzende Maßnahmen zum Fischschutz an Wasserentnahmen/Wasserkraftanalgen vorgesehen.

Lachszielartengewässer (im Bezirk Düsseldorf: Wupper mit Seitengewässern):

• Keine Errichtung von neuen Wasserkraftlangen
• Fischschutzrechen mit maximalen Stababstand von 10 mm vertikal oder 12 mm horizontal

Aalzielartengewässer (im Bezirk Düsseldorf: Lippe, Niers, Schwalm, Issel, Erft Wupper mit Nebengewässern, alle Kanäle)

• Möglichst keine Neuerrichtung von Wasserkraftanlagen
• Fischschutzrechen mit maximalem Stababstand von 15 mm

Gem. § 1 Abs. 2 WiPG NRW soll es für Zulassung von Wasserkraftanlagen eine landeseinheitliche Stelle in NRW geben, die die Anfragen und Verfahren nach §§ 11a Abs. 3 WHG und § 22a Abs. 3 LWG koordiniert und bearbeitet. Diese ist bei der Bezirksregierung Detmold angesiedelt.