Die Aufgaben der oberen Fischereibehörden in den Bezirksregierungen ergeben sich aus den Vorschriften gemäß des Landesfischereigesetzes (LFischG) und der Landesfischereiverordnung (LFischVo). Daneben sind weitere die Fischerei betreffende Rechtsvorschriften (z. B. Bundesnaturschutzgesetz, Landschaftsgesetz, Wasserhaushaltsgesetz, Oberflächengewässerverordnung, Landeswassergesetz) zu berücksichtigen. Ebenso ist die OFB bei der Umsetzung europäischer Rechtsvorschriften (z. B. FFH-RL, WRRL, EU-Aalverordnung) zu beteiligen. Daraus ergibt sich eine Vielzahl von Aufgaben:

• Fachaufsicht und Fachberatung der unteren Fischereibehörden inkl. der Fischereiaufseher
• Erarbeitung fischereilicher Stellungnahmen im Rahmen von behördlichen Verfahren
• Mitwirken bei der Erstellung von fischereirelevanten FFH Managementplänen, FFH Fischmonitorings und FFH Bewertung
• Koordinierung und Umsetzung von Artenschutzmaßnahmen für Fische (z.B. Wanderfischprogramm, gefährdete Kleinfischarten)
• Ausweisen von Fisch- und Laichschonbezirken
• Aufsicht Fischereigenossenschaften, Zusammenschluss von Fischereibezirken
• Prüfung und Genehmigung von Fischereipachtverträgen (Kreise, Kreisfreie Städte) und Hegeplänen
• Prüfung und Genehmigung von Fischbesatzmaßnahmen insbesondere bei Förderung durch die Fischereiabgabe
• Ausnahmegenehmigungen zum Fang und der Entnahme von Fischen (geschonte, geschützte Arten, Mindestmaße, Elektrobefischung Salmonidengewässer)
• Festsetzen von Ausgleichsmaßnahmen für Fischschäden z.B. durch Wasserentnahmen oder in Triebwerken
• Forderung zur Einrichtung von Fischwegen an Absperrbauwerken und anderen Anlagen, die den Fischwechsel erheblich beeinträchtigen
• Mitwirken bei wasserrechtlichen Verfahren
  • Ausbau von Gewässern, Gewässerentwicklung, Gewässerunterhaltung
  • Errichten von Anlagen am Gewässer
  • Festsetzen von schadenverhütenden Maßnahmen sowie Ermittlung des finanziellen Ausgleich für die Beeinträchtigung der Fischfauna
  • Vertretung von fischereilichen Belangen bei Planungen, Umsetzungen und Erfolgskontrollen der Maßnahmen im Rahmen der EU-WRRL
  • Gewässernutzungen (Entnahmen, Einleitungen)
• Mitwirken bei naturschutzrechtlichen Verfahren so Fischereibelange betroffen sind (Verordnungen, Ausweisung von NSGs, Wirkung von Verkehrswegen auf Gewässer, Bauvorhaben im Außenbereich z. B. Teichwirtschaft)